Başkanlığa bağlı olarak çalışan alt birimler, Özlük İşleri Şube Müdürlüğü ve Hesap İşleri Şube Müdürlüğü’dür.

Özlük İşleri Şube Müdürlüğü: Kadrolu personelin atama, yükseltme, görev süresi uzatma, nakil, görevlendirme ve izin, pasaport, sağlık karnesi, sicil, mal beyanı, borçlanma, fiili hizmet zammı, hizmet ve çalışma belgesi, yurtdışı hizmet, doktora ve askerlik borçlanma, hizmet birleştirme, ilişki kesme ve emeklilik gibi işlemlerini yürütür. Yabancı uyruklu öğretim elemanları, yurtdışında öğrenim gören burslu araştırma görevlileri, saat ücretli öğretim elemanları ve geçici işçilerin özlük işlemlerini yapar. Kadro ilanları, kadro becayiş işlemleri, memur alımı gibi genel prosedürleri yürütür; bu konularda YÖK, Maliye Bakanlığı ve Başbakanlık Devlet Personel Başkanlığı gibi kurumlarla gerekli yazışmaları yapar. Özlük İşleri Şube Müdürlüğü, akademik personelin paso işlemlerini ve bütün personelin kimlik kartı işlemlerini gerçekleştirir. ÜDS ve KPDS sınav formlarının dağıtımını sağlar.

Hesap İşleri Şube Müdürlüğü: Maaş ve ek ders bordrolarını hazırlar. Yabancı uyruklu sözleşmeli personelin, işçilerin, öğrenci asistanların, TÜBİTAK, AB Çerçeve programları ve DPT projelerinde çalışan araştırmacıların ve Sosyal Tesisler İşletme Müdürlüğü’nde görev yapanların ücret bordrolarını düzenler ve SSK işlemlerini takip eder. Emekli keseneklerinin Emekli Sandığı’na gönderilmesi işlemlerini yürütür.